高效液相色譜儀主要是用于定量組分分析用，簡單的說就是能準確的知道單位體積內含有多少某一種或某幾種物質的量，也能比較準確的分析混合物中含有那些物質或那一類物質。
高效液相色譜儀在醫藥領域有作用呢？
1.藥物生產中進行中間控制：生產抗菌素時，首先要了解發酵液中的主體與付產物的存在情況。例如：青霉素、四環素、頭孢子菌素、紅霉素、柔紅霉素、慶大霉 素等的發酵產物，均可用C18柱和甲醇及緩沖液配制的流動相或用離子對法，分析主體及其收產物的含量。對普魯卡因酰胺、茶堿等可進行主體含量的測定，對硝 酸甘油可測定主體含量及其降解產物，以便保證藥物的熱量。
2.分離分析藥物的組分含量：由于一種藥劑常含有多組分，一次即可將各維生素B6、D1、A、E同時分離并定出含量。又如止痛藥或退燒藥也可用此法分離并測得各組分的含量。
3.測定藥物在各種器官中的代謝產物：特別是研究藥物的代謝產物在血清中存在的情況。如測血清中的酮酸及戊二酸。測尿中代謝產物更為方便，不需要繁鎖的預處理。因為研究尿中的組分能鑒別病人的代謝功能，對病理研究或監床診斷均具有重要的參考價值。
4.分析藥物在體內的殘量：這是近來研究新藥效能很主要的內容之一，如冬凌草甲素是植物中的一組分，有抗癌效果，但是毒性大。測定其在血清中含量很重 要，現在可用C18柱及甲醇水為流動相，測定處理后的血清樣品，即可得到血中的含量。如磺胺類藥品在血清及尿中含量也不允許太大，可用C18柱及酸性乙醇 為流動相，測定含量后，則可估計最合適的用藥劑量。又如四環素、巴比妥酸、止痛藥、退燒藥、護糖尿病的藥物等，在血或尿中的含量都可用C18柱用甲醇、水 為流動相來測定含量。因此，反相色譜法應用范圍極廣。
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